纵观全世界成功的ETF，多是以“部分合成”指数为标的。“全市场指数”（Composite Index）理论上是最能代表整体股市的表现，但操作上的困难及额外成本往往多于它的优点。“全市场指数”成分股变动较频繁，任何一家公司的重大变化或每次有新公司上市都会影响指数内的个股权重，被动式组合如ETF便要随之而调整，增加交易成本。更重要的是，“全市场指数”包含很多小型兼流动性不足的股票，ETF在追踪这类标的时需采用最优化或抽样化管理方法，因此造成追踪误差。而追踪误差会增加ETF与期货之间的套利风险，直接打击投资人运用ETF套利的意愿。
ETF基金有何风险？
对于大多数投资者来说，交易所买卖基金(ETF)和交易所买卖产品 (ETP)是市场上费用最低而且是广泛多元化的投资工具。但是，如果投资者经常进行买卖或者采用平均成本法进行投资的话，ETF仍有可能累积大笔交易成本，使得ETF原来较低的开支比率所节省到的成本遭受侵蚀。此外，ETF的投资者面对另一风险，就是ETF可能并不紧贴地追踪其参考指数 — 这就是所谓的“追踪误差”。最后，很多ETF的构建方式也会使投资者面对交易对手风险，交易对手风险几乎存在于每一种投资工具之中，而并非ETF所独有的一种风险。
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